Aktiviti pewakafan di Malaysia bermula sejak kedatangan Islam di Nusantara beratus tahun dahulu. kesultanan-kesultanan Melayu mula mewakafkan tanah mereka untuk tujuan pendidikan. Antara institusi pendidikan yang awal adalah Kolej Islam Malaya (KIM) yang ditubuhkan pada tahun 1374H/1955M dan almarhum Sultan Hisamuddin Alam Shah Al-Haj ibni Almarhum Sultan Alaeddin Sulaiman Shah telah mewakafkan Istana Jemaah baginda untuk menjadi tapak rasmi Kolej Islam Malaya. Kemudian institusi pengajian tinggi awam dan swasta yang lain juga turut memperkenalkan skim saham yang mana manfaat wakaf disalurkan untuk pelbagai jenis aktiviti seperti pengajaran dan pembelajaran, aktiviti dakwah, penyelidikan dan komuniti.
Kerajaan Malaysia kemudian menubuhkan Jabatan Wakaf, Zakat dan Haji (JAWHAR) pada 27 Mac 2004 bersamaan 6 Safar 1425H oleh mantan Perdana Menteri Y.A.Bhg. Tun Abdullah bin Ahmad Badawi semasa mengumumkan kabinet kerajaan Malaysia. Ia merupakan titik permulaan dalam usaha Kerajaan Persekutuan membantu memajukan harta umat Islam sebagai sumber kekayaan dan kekuatan ummah pada masa hadapan. Yayasan Wakaf Malaysia (YWM) ditubuhkan pada 23 Julai 2008, berperanan dalam menggembleng sumber-sumber wakaf dan menjadi pelengkap kepada usaha Majlis-majlis Agama Islam Negeri (MAIN) dalam membangunkan hartanah wakaf di Malaysia.
Majlis-majlis Agama Islam Negeri (MAIN) juga memainkan peranan yang penting dalam usaha memartabatkan wakaf melalui pengwujudan Enakmen Wakaf Negeri dengam memperuntukkan MAIN sebagai pemegang amanah tunggal wakaf di Malaysia.
Bagi entiti-entiti korporat pula, model wakaf korporat yang mengorak langkah ialah Johor Corporation (JCorp) yang melancarkan wakaf korporat pada tahun 2006 dengan mewakafkan saham miliknya yang bernilai RM200 juta di dalam anak syarikatnya iaitu Kulim (M) Berhad, KPJ Healthcare Berhad dan Johor Land Berhad. Waqaf An-Nur Corporation Berhad (WANCorp) merupakan sebuah syarikat berhad dengan jaminan tanpa syer yang ditubuhkan oleh Johor Corporation (JCorp) dan berperanan dalam mengurus aset dan saham syarikat dalam Kumpulan JCorp yang diwaqafkan.
Enam tahun selepas itu, Bank Muamalat Malaysia Berhad (BMMB) dengan kerjasama Perbadanan Wakaf Selangor (PWS) yang memperkenalkan skim wakaf tunai Wakaf Selangor Muamalat. Melalui kerjasama ini, BMMB dan PWS adalah merupakan pengurus bersama aset wakaf yang diperolehi melalui pembelian sijil wakaf tunai yang boleh dilakukan di mana-mana cawangan BMMB. Selain itu sumbangan wakaf boleh juga dilakukan melalui perbankan internet, potongan bulanan dan arahan bayaran berkala. Di dalam aspek penyaluran manfaat wakaf ianya adalah bersifat umum, penerima-penerima wakaf adalah terdiri daripada daripada sektor pendidikan, kesihatan, keagamaan dan sosial.
Dalam aspek pembangunan harta tanah wakaf, entiti korporat di Malaysia seperti Tabung Haji Properties (TH Properties) dan UDA Holdings telah bekerjasama dengan Majlis Agama Islam Negeri selaku pemegang amanah tunggal wakaf di negeri-negeri di dalam membangunkan dan menguruskan hartanah-hartanah wakaf. TH Properties telah bekerjasama dengan Majlis Agama Islam Wilayah Persekutuan (MAIWP) untuk menguruskan Menara Bank Islam yang merupakan aset wakaf yang telah dibangunkan dan disewa kepada Bank Islam Malaysia Berhad (BIMB) pada tahun 2011.
UDA Holdings pula telah terbabit secara langsung dalam pembangunan harta wakaf di negeri Pulau Pinang iaitu yang dikenali sebagai Wakaf Seete Aisyah. UDA Holdings telah diamanahkan untuk membangunkan tanah wakaf tersebut dan ianya telah berjaya dilaksanakan dan diserahkan semula kepada MAIPP pada tahun 2012.
